Om de overgang van het vmbo naar het mbo voor leerlingen minder groot te maken, volgen de vmbo-basis leerlingen van het Calvijn College vanaf het derde leerjaar een vakmanschapsroute (VMR). De VMR is opgezet in samenwerking met het ROC van Amsterdam en biedt leerlingen een geïntegreerde leerroute die in drie jaar kan leiden tot een mbo-diploma. Dit is een jaar korter dan het reguliere traject.